Manco Auqui wurde 1547 in die Herrscherdynastie der Auqui geboren. Damit lassen sich seine Vorfahren bis zu Atahualpa Auqui zurückverfolgen. Eigentlich war es nicht vorgesehen das Manco zum neuen Staatsoberhaupt des Inkareiches wird. Aber im Alter von 17 Jahren starb sein älterer Bruder an den Folgen einer Pockenerkrankung. Daher wurde von nun an ihm alles beigebracht was es zu wissen geben muss.
In seiner Zeit vor der Krönung unternahm er einige Reisen. Somit war er das erste Mitglied des inkaischen Hochadels, welcher bei einem Besuch in Europa vom Kaiser des SIFR persönlich empfangen wurde. Bei diesem Besuch versprach er das er die Zusammenarbeit der beiden großartigsten Länder der Welt weiter fördern wird. So unternahm er auch noch viele Reisen in die Kolonie Nova Francorum wo er schon erste Kontakte zum arianischen Glauben knüpfte. Er selbst wurde eher atheistisch erzogen. Da sich die Herrscherfamilie immer mehr von den alten Göttern abgewandt haben.
Als 1572 sein Vater von Fanatiker während einer Rede zu seinem Volk erdolcht wurde, da dieser ihm die verlorenen Kriege gegen Nova Francorum vorwarf und die jetzige "Verbrüderung" mit alten Feinden übel nahm, war er erst schockiert und zweifelte daran ein ebensoguter König zu werden. Trotzdem wurde er noch auf der Totenfeier seines Vaters zum neue Sapa Inka, dem König der Andenvölker.
Der Dom von Macchu Piccu war der Tropfen der das Fass zum überlaufen brachte
In seinen ersten Regierungsjahren setzte er alles auf eine bessere Zusammenarbeit mit den Kolonien des SIFR. Auch ließ er noch mehr arianische Missionare ins Land und unterstützte diese auch noch zusätzlich. Als 1573 schon die Grundsteine des Doms von Maccu Picchu gelegt wurden, kam es schon zu ersten Auschreitungen, woraufhin er mit Waffengewalt dazwischen gehen musste.
So kam es dann dazu das 1577 nach Eröffnung des Doms der inkaische Bürgerkrieg ausbrach.
Als der Bürgerkrieg dann 1581 mit der Niederlage der Religiösen ausging, war das Land aber nur noch ein Trümmerhaufen. Da der Krieg nur mit Hilfe der Neufranken gewonnen werden konnte erklärte Manco Augui die alten Feinden nun endgültig zu neuen Freunden. Als zusätzlichen Dank heiratete er eine Frau aus dem Hause Medici. Am Tag der Hochzeit ließ er sich dann auch noch taufen und große Teile des Adels, welche im Bürgerkrieg auf seiner Seite standen, folgten ihm.
In den letzten 20 Jahren seiner Herrschaft kam es zwar noch vereinzelt zu Aufständen der Anhänger der alten Götter, aber insgesamt war vorallem die ärmere Bevölkerung froh darüber das die Priester ihre Macht verloren haben. Dadurch kam auch der Aufbau des Landes wieder gut voran. Als 1603 in der britischen Kolonie Neu Avalon der Unabhängigkeitskrieg ausbrach unterstützte er die Soldaten der Kolonie. Daher war als 1611 starb ein langjähriger Frieden zwischen den drei südseptieschen Staaten geschaffen.